岡崎研究所の組織は総会、理事会、事務局からなります。

総会は岡崎研究所の会員よりなり、最高意思決定機関です。

理事会は執行機関ですが、現在の理事会の構成は次の通りです。

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（理事長）

• 理事　茂田　宏（元駐イスラエル大使）

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（相談役）

• 理事　時野谷　敦（元外務省北米局長　元EU代表部大使）

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（以下あいうえお順）

• 理事　池田　維（元交流協会台北事務所代表、外務省元アジア局長・官房長）

• 理事　織田　邦男（麗澤大学特別教授、元空将）

• 理事　金子　将史（株式会社PHP研究所 取締役 常務執行役員、政策シンクタンクPHP総研代表・研究主幹）

• 理事　金田　秀昭（元海将）

• 理事　加藤　良三（元駐米大使）

• 理事　信田　智人（国際大学国際関係学研究科 教授）

• 理事　新貝　正勝（元大分県中津市長、防衛省元契約本部長）

• 理事　番匠　幸一郎（丸紅株式会社グループ顧問、元陸上幕僚副長・西部方面総監）

• 理事　野島　信明（東京ビジネスサービス株式会社代表取締役会長）

• 理事　目賀田周一郎（元駐メキシコ大使）

• 理事　宮川　眞喜雄（元駐マレーシア大使　前内閣官房国家安全保障参与）

• 理事　吉崎　達彦（株式会社双日総合研究所副所長、同チーフエコノミスト）

• 理事　梅田　邦夫（中曽根平和研究所副理事長、前駐ベトナム大使、元駐ブラジル大使）

• 監事　伊集院　明夫（財団法人ラジオプレス前理事長）